2006 m. gruodžio 28 d. AB "MAŽEIKIŲ ELEKTRINĖ" baigė savo veiklą kaip juridinis asmuo, reorganizuota prijungiant prie AB "Mažeikių nafta", kuriai perėjo visas turtas, prievolės ir teisės. Šiuo metu "Mažeikių elektrinė" Po reorganizacijos yra AB "Mažeikių nafta" padalinys ir toliau vykdo savo funkcijas - gamina ir realizuoja elektros ir šilumos energiją. Elektrinėje dirba 264 žmonės.